做檢查往往涉及費用、時間和檢查部位的考慮。腸鏡可分為大腸鏡、軟式乙腸鏡、硬式乙腸鏡和直腸鏡。
大腸鏡長1.6-1.8米，範圍可達整段大腸，換言之，可由肛門探至盲腸，經過直腸、乙狀結腸、降結腸、橫結腸、升結腸到盲腸為止的大約90厘米，檢查時間須半小時至一小時。軟式乙腸鏡就比大腸鏡短，只能由肛門採至降結腸為止，經過直腸和乙狀結腸，檢查時間只須15分鐘，當然費用也比較便宜。硬式乙腸鏡則只能探至遠端乙狀結腸，如果想檢測更深入的位置，軟式乙腸鏡較適合，因它能檢查全部乙狀結腸甚至降結腸遠端。最短的腸鏡就是直腸鏡，只能檢查距肛門7厘米左右。
在醫學的記錄上，約七成的大腸腫瘤出現在大腸的後半段，因此乙腸鏡往往也可發現這部分的腫瘤，當然不能發現前半段大腸的腫瘤。以下這些情況可考慮做乙腸鏡：
1. 原因不明的血便、黏液便、糞便變細；
2. 下腹部隱痛、腹脹、里急後重；
3. 直腸指檢時發覺有腫塊，指套有血；
4. 直腸癌高危一族；
5. 慢性血吸蟲患者；
6. 疑有直腸和乙狀結腸遠端病變者。
做硬式乙腸鏡時，要採取胸膝位，或左側卧位。對於不方便取這體位的，就要改用軟式乙腸鏡。
先天或後天性直腸或乙狀結腸狹窄、腸道嚴重炎症、門靜脈高壓併發痔靜脈曲張、大量腹水及腹內腫瘤的患者，孕婦、有心、肺功能衰竭及年老體弱者，以及有出血傾向者，均不可做乙腸鏡檢查。
做大腸鏡檢查前，需進行低渣飲食、服用瀉劑等清腸準備。做乙腸鏡檢查前，不一定要做清腸準備，但如果沒有做清腸準備，就需要現場灌腸。